El CIEMic tuvo su origen en 1974 cuando se creó la Unidad de Microscopía Electrónica (UME) como respuesta a la necesidad de los investigadores de la Universidad de Costa Rica de contar con equipos de Microscopia Electrónica.En dicha época los equipos fueron donados por el Gobierno del Japón a través de la Agencia de Cooperación Internacional del Japón (JICA). Además, se estableció un convenio de cooperación con el gobierno del Japón que permitió desarrollar un programa para la capacitación de investigadores costarricenses y latinoamericanos en técnicas de microscopía electrónica.
Inicialmente la UME se ubicó como una unidad adscrita a la escuela de Medicina pero como respuesta al creciente desarrollo de distintas líneas de investigación que utilizan como herramienta la microscopía de alta resolución, en el año 2001, la UME se convirtió en el Centro de Investigaciones en Estructuras Microscópicas (CIEMic), con su nueva sede, ubicada en la Ciudad de la Investigación de la Universidad.
Ver la historia de la microscopía electrónica en Costa Rica en: Hernández, F. 1988. Rev. Cost. Cienc. Med. 9:95-97. Y una publicación commemorativa a los 35 años de existencia del CIEMic en: Hernández Chavarría, F. 2011. Tecnología en Marcha. 24:53-58.